Мультиомний атлас мозку приматів виклали у відкритий доступ

Сяоцюнь Ван (Xiaoqun Wang) з Китайської академії наук із колегами представив мультиомний атлас мозку шести видів приматів, включаючи людину. Для його створення дослідники скористалися власними напрацюваннями та базами даних PubMed, Gene Expression Omnibus (GEO), UCSC Cell Browser, NeMO, Descartes, EMBL-EBI та Allen Brain Map, щоб зібрати та інтегрувати наявні у відкритому доступі результати транскриптомних досліджень окремих клітин, просторового транскриптомного та епігеномного аналізів мозку. Отримані матриці експресії генів зіставили з референсними геномами людини, шимпанзе, горили, макака-резуса, макака-крабоєда та звичайної ігрунки. Результати опубліковані у журналі Nucleic Acids Research.

Проаналізовані та інтегровані дані зібрали в атлас під назвою MAPbrain. Він містить дані про 21 мільйон клітин з 38 ключових областей і 463 підобластей мозку у всіх періодах ембріонального та післяпологового розвитку (в загальній сумі 164 тимчасові точки). Навігація атласу дозволяє вивчати як окремі клітини, так і транскриптом та епігеном в цілому, розглядати специфічні для клітин різних типів та різних стадій розвитку молекулярні маркери, порівнювати профілі експресії генів у різних ділянках мозку та у різних видів приматів. Користувачі можуть завантажувати власні дані на онлайн-платформу та аналізувати їх. Атлас викладено у відкритий доступ.

Від DrMoro