Multiomiczny atlas mózgu naczelnych stał się ogólnodostępny

Xiaoqun Wang z Chińskiej Akademii Nauk i jego współpracownicy przedstawili multiomiczny atlas mózgu sześciu gatunków naczelnych, w tym człowieka. Aby go stworzyć, naukowcy wykorzystali własne narzędzia i bazy danych: PubMed, Gene Expression Omnibus (GEO), UCSC Cell Browser, NeMO, Descartes, EMBL-EBI i Allen Brain Map, aby zebrać i zintegrować publicznie dostępne wyniki badań transkryptomowych pojedynczych komórek oraz przestrzennych analiz transkryptomowych i epigenomowych mózgu. Uzyskane matryce ekspresji genów porównano z genomami referencyjnymi ludzi, szympansów, goryli, makaków rezusów, makaków krabożernych i małp łownych. Wyniki opublikowano w czasopiśmie Nucleic Acids Research.

Przeanalizowane i zintegrowane dane zebrano w atlasie o nazwie MAPbrain. Zawiera dane dotyczące 21 milionów komórek z 38 kluczowych obszarów i 463 podobszarów mózgu we wszystkich okresach rozwoju embrionalnego i postnatalnego (łącznie 164 punkty czasowe). Poruszanie się po atlasie umożliwia badanie zarówno pojedynczych komórek, jak i transkryptomu i epigenomu jako całości, zapoznanie się z markerami molekularnymi specyficznymi dla komórek różnych typów i różnych stadiów rozwoju oraz porównanie profili ekspresji genów w różnych częściach mózgu i u różnych gatunków naczelnych. Użytkownicy mogą przesyłać własne dane na platformę internetową i analizować je. Dostęp do atlasu jest otwarty.

Od DrMoro