Atlas multiomiczny mózgu naczelnych udostępniono publicznie

Xiaoqun Wang z Chińskiej Akademii Nauk i jego współpracownicy zaprezentowali multiomiczny atlas mózgu sześciu gatunków naczelnych, w tym człowieka. Do jego stworzenia naukowcy wykorzystali własne opracowania i bazy danych PubMed, Gene Expression Omnibus (GEO), UCSC Cell Browser, NeMO, Descartes, EMBL-EBI i Allen Brain Map, aby zebrać i zintegrować publicznie dostępne wyniki badań transkryptomicznych poszczególnych komórek, przestrzenne analizy transkryptomiczne i epigenomiczne mózgu. Uzyskane macierze ekspresji genów porównano z genomami referencyjnymi ludzi, szympansów, goryli, makaków rezusów, makaków krabożernych i zabawek pospolitych. Wyniki opublikowano w czasopiśmie Nucleic Acids Research.

Przeanalizowane i zintegrowane dane zebrano w atlasie o nazwie MAPbrain. Zawiera dane dotyczące 21 milionów komórek z 38 kluczowych regionów i 463 podregionów mózgu we wszystkich okresach rozwoju embrionalnego i poporodowego (łącznie 164 punkty czasowe). Nawigacja po atlasie pozwala na badanie zarówno pojedynczych komórek, jak i transkryptomu i epigenomu jako całości, uwzględnianie markerów molekularnych specyficznych dla komórek różnych typów i na różnych etapach rozwoju, porównywanie profili ekspresji genów w różnych częściach mózgu i u różnych gatunków naczelne ssaki. Użytkownicy mogą przesyłać własne dane na platformę internetową i je analizować. Atlas ma charakter otwarty.